Литсейи ҳарбии Вазорти мудофиа дар асоси Қарори Ҳукумати Ҷумхурии Тоҷикистон аз 4-уми феврали соли 1999 дар базаи мактаб-интернати махсуси ҷумҳуриявӣ, ки он 29 сентиябри соли 1985 таъсис ёфта буд, ташкил када шудааст. Аз рӯзи аввали таъсисёбии Литсейи ҳарбӣ сарварии онро генерал-майор Мирзо Ҷонов бар ӯҳда дошта, давоми фаъолияти солҳои минбаъда дигар мутахассисони касбӣ дар пойдорӣ ва дастовардҳои он саҳми хешро гузоштанд. Агар замони таъсис соли 1985-ум дар мактаб-интернати махсус 80-нафар хонанда донишомӯзӣ карда бошанд, теъдоди онҳо сол то сол зиёд шуда, то соли 2001 мактаб-интернат ва баътар Литсейи ҳарбиро ҳазорон нафар курсантон хатм намудаанд.

Аз соли 1999 Литсейи ҳарбӣ ба тобеияти Вазорати мудофиаи Ҷумҳурии Тоҷикистон гузаштааст, ки то соли 2003 ин муассисаи таълимиро 830 нафар ва то соли 2011 бошад, 1801 нафар хонанда хатм намудааст. Таҳсил дар Литсейи мазкур ду сол давом намуда, дар ин муддат хонандагон асосан донишҳои ибтидоии ҳарбиро аз худ менамоянд. Дар асоси низомномаи муайяннамудаи Литсейи ҳарбӣ курсантони лаёқатманд ба академияҳо ва донишгоҳҳои олии ҳарбии ҷумҳуриҳои Федератсияи Россия, Украина, Қазокистон, Ҳиндустон ва Озорбойҷон барои давом додани таҳсил фиристода мешаванд ва қисми дигаре аз онҳо ба Донишкадаи ҳарбии Вазорати мудофиаи Ҷумҳурии Тоҷикистон дохил шуда, маълумоти олии ҳарбиро дар ин ҷо мегиранд. Айни замон, даҳҳо нафар курсантони хатмнамудаи Литсейи ҳарбӣ баъди хатми мактабҳои Олии касбӣ дар зинаҳои роҳбарикунандаи сохторҳои қудратӣ вобаста ба тахассусу донишҳои гирифта дар сафҳои Қувваҳои Мусаллаҳи Ҷумҳурии Тоҷикистон адои вазифа менамоянд.

Ба Литсейи ҳарбии Вазорати мудофиа омӯзгорони пуртаҷриба ҷалб карда шуда, бо мақсади баланд бардоштани сифати дониш ва ҳиси миллии толибилмон, инчунин таҳкими интизоми ҳарбӣ ва тайёрии ҳарбӣ ҳамеша саъю кӯшиш менамоянд. Таълим дар Литсейи ҳарбӣ ба забони давлатӣ гузаронида мешавад. Азбаски тарбиятгирандагон ба мамлакатҳои хориҷа барои идома додани таҳсил равона карда мешаванд, дар асоси Оинномаи Литсейи ҳарбӣ ба забони руссӣ низ диққати ҷиддӣ дода мешавад.

Дар ин муассисаи таълимии ҳарбӣ зиёда аз 15 фан доир ба махсусиятҳои ҳарбии кишвар омӯзонида мешавад. Тарзи омӯзиш ба ду равия ҷудо карда шудааст, равияи забонҳои хориҷӣ ва равияи умумиҳарбӣ ва инчунин ба ду иттиҳодияҳои методӣ ҷудо карда шудаанд; Иттиҳодияи методии фанҳои гуманитарӣ ва Иттиҳодияи методии фанҳон дақиқ. Вобаста ба имконияту фарогирии хонандагон ба Литсейи ҳарбӣ ҳаминро бояд зикр намуд, ки аз ҷониби масъулини соҳа ҷиҳати самаранокии таълиму тарбия шароити хуби таҳсил фароҳам оварда шудааст. Литсейи мазкур дорои маҷлисгоҳ, синфхонаҳои таълимӣ, толори варзишӣ, майдонҳои сафороӣ, китобхонаи дорои беш аз 4 ҳазор адад китоб мебошад.

Рафти таълиму тарбия мувофиқи барномаҳои таълимӣ ва нақшаи чорабиниҳои соли таҳсил бо талаботи оинномаҳои Қувваҳои Мусаллаҳи Ҷумхурии Тоҷикистон, Дастуру супоришҳои вазири мудофиа ва Оинномаи Литсейи харбӣ ба роҳ монда, корхои тарбиявӣ-сиёсӣ ва таълимӣ дар мувофиқа бо Райёсат оид ба корҳои сиёсӣ-тарбиявӣ ва Райёсати кадрҳо ва таълимоти ҳарбии Вазорати мудофиа, инчунин бо Вазорати маориф ва илми Ҷумҳурии Тоҷикистон амалӣ карда мешаванд.