Пас аз ба даст овардани Истиқлолияти давлатӣ барои таъмин намудани Қувваҳои Мусаллаҳи кишвар бо афсарони касбӣ зарурат пеш омад. Аз ин лиҳоз бо фармони Президенти Ҷумҳурии Тоҷикистон аз 29 сентябри соли 1992 ва бо қарори Шӯрои Вазирони Ҷумҳурии Тоҷикистон аз 3 ноябри соли 1992 дар пойгоҳи Техникуми геологӣ Коллеҷи Олии ҳарбии фармондеҳӣ -муҳандисӣ ташкил карда шуд. Гурӯҳи аввалини донишҷӯёни шомилшуда ба Коллеҷи мазкур бори нахуст 23 феврали соли 1993 дар рӯзи таъсисёбии Қувваҳои Мусаллаҳи Ҷумҳурии Тоҷикистон савганди ҳарбӣ ёд намуда, дар гузаронидани намоиши ботантанаи ҳарбӣ фаъолона иштирок намуданд.

Таъсисиси Коллеҷи Олии ҳарбии фармондеҳӣ – муҳандисӣ ба даврае рост омад, ки дар кишвар муноқишаҳои дохилӣ, яъне ҷанги шаҳрвандӣ идома дошт. Ҳайати шахсии Коллеҷ бо дарки масъулияти касбӣ бо ҳамроҳии дигар сохторҳои қудратӣ дар муҳорибаҳо бар зидди ҷинояткорон, баҳри таъмини сохти конститутсионӣ дар Ҷумҳурии Тоҷикистон иштирок намудаанд. Бо гузашти вақт теъдоди муҳасилини Коллеҷ афзуда хоҳишмандони таҳсилкунанда дар ин муассисаи таълимӣ зиёд гардид. Ҳамзамон доираи фаъолияти колеҷ низ васеъ шуда, бо биноҳои нави таълимӣ таъмин карда шуд.

Бо назардошти ин бо Қарори Ҳукумати Ҷумҳурии Тоҷикистон аз 30-апрели соли 2002 Коллеҷи Олии ҳарбии фармондеҳӣ – муҳандисӣ ба Донишкадаи ҳарбии Вазорати мудофиа табдил дода шуд, ки Президенти Ҷумҳурии Тоҷикистон муҳтарам Эмомалӣ Раҳмон аз он дидан намуд. Ҳайати устодони Донишкадаи ҳарбӣ айни замон ба донишандӯзии донишҷӯён, камолоти ҷисмонӣ ва такмили донишҳои ҳарбӣ-сиёсии онҳо диққати махсус дода, зарфият ва имкониятҳои васеи хонишро фароҳам овардааст, то ҳарчи бештар миқдори афсарони касбиро дар қисму воҳидҳои низомии кишвар зиёд намуда, рафти хизмати ҳарбии афсаронро дар сатҳи касбӣ ба роҳ монад.